“合肥工业大学汽车工程技术研究院”是学校专职科研机构，由省市政府支持成立于2002年10月。“合肥工业大学新能源汽车工程研究院”亦为学校专职科研机构，由合肥工业大学联合安徽江淮汽车集团有限公司和安徽巨一自动化装备有限公司于2009年7月成立。2016年10月，两研究院合并，组建新的“合肥工业大学汽车工程技术研究院”（以下简称“汽车研究院”）。
汽车研究院以新能源汽车整车研发、关键零部件研发、前沿及核心技术攻关、研发成果产业化、研究生培养以及服务地方政府推进新能源汽车产业发展为使命。目前拥有专业技术人员50余人，招收培养研究生60余人，院外聘用新能源汽车行业内专家12人。
汽车研究院建有包括电磁兼容、整车动力性能、电池系统、电驱动系统、关键零部件等各类大中型实验室，试验设备原值近10000万元，基本满足研究院整车及关键零部件研发需要。研发成果包括江淮iEV（爱意为）纯电动汽车、轮毂电机驱动电动汽车、系列电驱动系统、电池管理系统（BMS）、整车控制器（VCU）等系列产品。汽车研究院目前在研项目轮毂电机驱动铝合金车架纯电动汽车及其产业化，得到省市政府财政的鼎力支持。研究院的动力电池管理系统（BMS）成果及电驱动系统成果均实现产业化。
汽车研究院目前正联手中国汽车技术研究中心的天津汽车检测中心全力推进“国家智能网联电动汽车质量监督检验中心（合肥）”建设，该中心建于合肥工业大学智能制造技术研究院，预计试验检测设备投资逾10亿元，计划2020年全部建成。同时，汽车研究院基本完成“安徽新能源汽车远程服务与数据研究中心”建设，即将投入使用。此外，汽车研究院正在开展智能网联电动汽车创新中心建设。
汽车研究院与江淮、奇瑞、一汽、东风、长安、国轩高科、巨一自动化等国内数十家整车及零部件企业开展产学研合作，与美国俄亥俄州立大学、澳大利亚悉尼科技大学等国外高校，建立了国际合作关系。
